En lo que respecta a la política interna uruguaya, el período entre 1939 y 1945 marcó la transición entre la política conservadora y antirreformista del terrismo y la llegada del neobatllismo. Para desarmar el sistema terrista, el presidente Alfredo Baldomir, con el apoyo de batllistas y socialistas, dio un golpe de Estado. Su objetivo era cambiar la Constitución y restablecer rápidamente la democracia. Fue un período de inestabilidad política y crecimiento económico favorecido por un aumento en las exportaciones. En la política exterior, el bando de los países aliados presionaba a Uruguay exigiéndole que se definiera a su favor, pero el presidente Baldomir declaró la neutralidad en 1939.

En diciembre de ese año, un acorazado alemán llamado Graf Spee llegó al puerto de Montevideo para hacer reparaciones luego de ser atacado en el Río de la Plata por naves inglesas. El gobierno uruguayo, presionado por las embajadas de Inglaterra y Estados Unidos, le dio tres días para arreglar las averías y marcharse. Mientras, cruceros ingleses lo esperaban fuera de aguas uruguayas. Ante esa situación el capitán del Graf Spee decidió bajar a la tripulación del barco y explotarlo ante la mirada sorprendida de los montevideanos, que observaban el espectáculo desde la rambla. Esta fue la batalla del Río de la Plata. Las presiones diplomáticas de las potencias aliadas sobre el gobierno uruguayo obligaron a crear una comisión parlamentaria que investigara las denuncias sobre nazis uruguayos. En los barrios de la capital se crearon grupos de defensa pasiva, para denunciar a los sospechosos de actividades pronazis.

A partir de 1942, con el gobierno de Juan José de Amézaga, Uruguay abandonó la neutralidad y se volcó a favor del bando aliado. Simbólicamente le declaró la guerra a Alemania y Japón en febrero de 1945. Ese mismo año adhirió a la ONU.