El 1° de setiembre de 1904 un disparo hirió gravemente a Aparicio. El caudillo siempre estaba en el campo de batalla al lado de sus hombres y muchas veces en los lugares más peligrosos del combate. A pesar de todos los pronósticos, el ejército rebelde de Aparicio había logrado ganar varias batallas importantes y le estaba complicando la guerra al gobierno.

Pasaron muchos meses de conflicto y la guerra no se definía, cuando todo hacía pensar que Aparicio iba a ser derrotado rápidamente. Las presiones de los sectores influyentes de la sociedad empezaron a sentirse en Montevideo. Los grandes estancieros le pedían a Batlle que negociara con el caudillo, pero el presidente se negaba: sabía que la única forma de llevar a cabo su idea política era derrotándolo definitivamente.

La batalla de Masoller fue especialmente dura para ambas fuerzas enfrentadas. Los dos bandos contaban con armamento moderno. Cuando los hombres de Aparicio vieron que su líder salía gravemente herido del campo de batalla, quedaron conmocionados. Sabían que perdían la principal conducción militar y espiritual. Su ejército se dispersó rápidamente y el caudillo fue trasladado a una estancia en territorio brasileño para ser atendido. Todo fue inútil. Aparicio murió a los diez días por las heridas ocasionadas por la bala. Ninguno de los líderes políticos del Partido Nacional pudo convencer a los hombres de continuar en la lucha. Nadie podía sustituir en ese momento al caudillo.

En la batalla de Masoller murió el hombre y empezó la leyenda del último caudillo rural de la historia uruguaya. Los vencidos firmaron la paz de Aceguá y un nuevo momento histórico empezaba para el país. Con José Batlle y Ordóñez a la cabeza, se comenzaron a construir las características del Uruguay del siglo XX.