Las ideas del batllismo tuvieron muchos seguidores pero también muchos enemigos, que veían en ellas un peligro para sus intereses. Entre sus opositores estaba el Partido Nacional, para el cual Batlle era la representación del Uruguay urbano, moderno y de perfil europeo, contrario a la visión más rural, conservadora y americanista de los blancos. La derrota de Aparicio Saravia en 1904 aumentó el descontento con el gobierno colorado, responsable de la muerte del principal líder y caudillo del Partido Nacional.

Desde el propio Partido Colorado, el batllismo tuvo grandes resistencias. La puesta en práctica de la estatización y la nacionalización de empresas encontró oposición dentro del grupo riverista, que no estaba de acuerdo con la idea de un Estado que interviniera en la economía. También puso en su contra a la burguesía extranjera, que perdía los beneficios económicos que había obtenido anteriormente. Incluso los gobiernos de Inglaterra y Francia presionaron para que el batllismo frenara sus reformas.

Los cambios sociales y políticos del batllismo, que defendía los derechos laborales y sociales de los trabajadores y otorgaba el sufragio universal masculino, fueron resistidos por estos empresarios, que eran contrarios a las leyes a favor de los trabajadores y a su participación electoral.

El batllismo logró separar a la Iglesia Católica del Estado, lo que provocó el enojo de las autoridades religiosas. Hasta la presidencia de Batlle los presidentes uruguayos tomaban el mando jurando su cargo delante de la Biblia, pero Batlle se negó y prometió su cargo sobre la Constitución de la República. A la secularización del Estado se sumó el proyecto de ley a favor del divorcio, que fue apoyado por Batlle y muy criticado por la Iglesia Católica.