En 1959 comenzó el proceso de unificación sindical, que finalizó en 1966 con la creación de la Convención Nacional de Trabajadores (CNT). En 1964, en un contexto de crisis económica, las distintas asociaciones y gremios conformaron un organismo de coordinación entre la Central de Trabajadores del Uruguay, que agrupaba a 80 organizaciones, y los sindicatos autónomos (bancarios, frigoríficos, electricistas y de la industria del caucho). Este órgano se llamó Convención Nacional de Trabajadores y tenía como propósito unir a todos los sindicatos y sectores sociales afectados por la crisis.

En su política expansiva hacia sectores no obreros, la CNT convocó al Congreso del Pueblo en agosto de 1965. En ese congreso se elaboró un programa de soluciones que fue la guía de las movilizaciones populares de los años siguientes.

En 1966 la CNT dejó de ser un organismo de coordinación para convertirse en la central única de trabajadores. Su programa postulaba las siguientes medidas: reforma agraria e industrial; nacionalización de los monopolios y del comercio exterior; reforma tributaria tendiente a gravar a los sectores de más altos ingresos; y promoción del desarrollo industrial.

A partir de 1968, bajo las medidas prontas de seguridad adoptadas por el gobierno ante la intensidad de los conflictos sociales, los sindicatos se manifestaron en contra de esas medidas autoritarias. El 27 de junio de 1973, con el golpe militar, la CNT cumplió lo decidido en sus congresos e inició una huelga general, con ocupación de los lugares de trabajo, que duró 15 días. A pesar de la dura represión que sufrieron los sindicalistas fue el único movimiento sindical en América que enfrentó al poder de la dictadura militar. Ese mismo año la CNT fue ilegalizada y muchos de sus dirigentes perseguidos.