Venancio Flores organizó la invasión a Uruguay mientras estuvo exiliado en Buenos Aires. Allí lo ayudó el gobierno argentino. El presidente Mitre tenía mucho interés en contar con un gobierno aliado en Montevideo y eso no era posible con Berro en la presidencia.

Flores reclamaba la necesidad de vengar a los mártires de Quinteros, como una forma de unificar el Partido Colorado. Al principio no logró sus objetivos: los colorados más cultos rechazaban una acción encabezada por un caudillo.

El gobierno no fue capaz de aplastar la revolución. El ejército florista tenía una gran movilidad y contaba con el auxilio de suministros y caballos desde el litoral argentino. En cambio, el ejército del gobierno se movía lentamente; la sequía había matado a sus caballos. Por otro lado, el presidente Berro no contaba con un frente político unificado. Era un anticaudillista y convencido fusionista, y eso le impedía admitir la colaboración de los viejos caudillos blancos.

El desenlace de la revolución se produjo con la intervención brasileña. El imperio del Brasil necesitaba contar con los puertos orientales para la futura campaña contra Paraguay. También defendía a los estancieros riograndenses que se sentían afectados por la política de Berro contra la extranjerización de la tierra: impuestos, prohibición de uso de mano de obra esclava e impedimentos para el pasaje de ganado a Brasil.

También con la colaboración de Brasil, los floristas sitiaron y agotaron la resistencia de Paysandú en un mes. El 20 de febrero de 1865 se selló la paz. Flores ejerció la presidencia hasta su muerte en 1868, muchos blancos emigraron y comenzaron a preparar su revolución. Como presidente firmó un tratado con Brasil y con Argentina, como tercer aliado en la guerra contra Paraguay.