A fines de 1903 los ejércitos empezaron a prepararse para la guerra. Los rebeldes blancos liderados por Aparicio Saravia juntaban hombres y armamentos en la estancia El Cordobés, en Cerro Largo. La mayor parte del ejército, unos 15.000 soldados rebeldes, estaba formada por hombres de campo. El ejército del gobierno, liderado por José Batlle y Ordóñez, contaba con 30.000 soldados (muchos de ellos profesionales), mejor tecnología y dinero para solventar la guerra.

La lucha estalló en 1904. El presidente Batlle no abandonó Montevideo; desde allí recibía la información del combate comunicándose por telegrama con sus generales. El gobierno contaba con el tren para transportar soldados, armas y alimentos en todo el territorio. El ejército del gobierno había comprado un arma nueva, la ametralladora, que permitía hacer muchos disparos de forma automática.

Hubo cinco batallas importantes, en diferentes puntos del país, que dejaron muchos muertos y produjeron enormes gastos económicos. Se destruyeron alambrados, ganado, casas y campos. Los dueños de las estancias le pedían a Batlle que negociara con Aparicio, pero él contestaba que la guerra terminaría cuando en Uruguay hubiera “una sola ley, un solo gobierno y un solo ejército”. Para eso era necesario derrotar totalmente a Aparicio.

El combate entre los ejércitos era parejo, a pesar de las ventajas del gobierno. Todo cambió el 1º de setiembre de 1904, cuando Saravia fue herido en la batalla de Masoller, en el norte del país. Diez días después, el caudillo murió en una estancia en territorio brasileño. A partir de ese momento, el ejército rebelde perdió a su líder y no pudo continuar la lucha. José Batlle y Ordóñez había ganado la guerra y podía empezar a gobernar todo el país, sin ninguna división. Fue la última guerra civil del Uruguay.