Desconforme con la situación política del país, Aparicio Saravia recorrió el interior juntando voluntarios para su lucha armada contra el gobierno y comenzó los preparativos para la guerra. El centro de operaciones del ejército del caudillo se organizó en Cerro Largo, departamento donde Aparicio tenía sus tierras. Mientras tanto, el gobierno, muy preocupado por la situación, también preparaba a sus soldados. Los colorados no intentaron ningún acercamiento con los rebeldes para negociar una solución pacífica, así que en marzo de 1896 estalló la guerra.

El ejército del gobierno colorado era muy superior en hombres y en la calidad de su armamento. Tenía armas automáticas, que realizaban muchos disparos uno detrás de otro y, además, había comprado nuevos cañones que permitían tirar proyectiles desde largas distancias. El ejército de Aparicio tenía armas de fuego muy antiguas y no todos sus hombres las tenían; algunos pelearon a lanza. Los ejércitos se enfrentaron en cuatro batallas importantes: dos las ganó el ejército del gobierno, una Aparicio y otra fue casi un empate, ya que ningún ejército lograba derrotar totalmente al otro.

Tanto blancos como colorados le pedían al presidente que negociara la paz con Aparicio, pero Idiarte Borda se negaba a hacerlo. En medio de esta situación el presidente fue asesinado a la salida de la catedral de Montevideo. Su sucesor, Juan Lindolfo Cuestas, comenzó de inmediato las negociaciones de paz, que se conocieron como el Pacto de la Cruz. El tratado estableció que los blancos debían renunciar a la lucha armada y que tendrían, a partir de ese momento, el control electoral de seis departamentos en todo el país. Esto les aseguraba una parte del poder. El país se dividía en dos, una parte gobernada por los blancos y otra por los colorados.