El plan de organización federal del artiguismo se concretó con la formación de la Liga Federal o Liga de los Pueblos Libres. En 1815, el momento de mayor extensión de la Liga, integró a Misiones, Entre Ríos, Córdoba, Corrientes, Santa Fe y la Provincia Oriental. Mientras existió, estuvo en guerra contra Buenos Aires. Esta ciudad buscaba afirmar un sistema unitario centralista, que concentraba en ella todas las decisiones políticas y económicas.

El sistema federal propuesto por Artigas planteaba que era necesario garantizar la soberanía de cada pueblo. Para eso, las provincias generarían pactos para defenderse entre ellas y establecerían un gobierno superior que estaría a cargo de los asuntos más generales. Por otro lado, cada una mantendría un alto grado de autonomía en sus asuntos internos, ya que Artigas creía que ese era el aspecto esencial para proteger la “soberanía particular de los pueblos”. Cada provincia debía poseer, además de su gobierno, su respectiva Constitución y hasta su propio ejército.

La capital de la Liga Federal estuvo en el campamento de Artigas en Purificación, en la costa oriental del río Uruguay. Desde allí Artigas podía controlar la región y estar en contacto con los caudillos federales de las demás provincias.

La crisis del sistema federal comenzó con la invasión lusobrasileña y la caída de la Provincia Oriental en 1817. Durante los siguientes tres años los federalistas se enfrentaron a una guerra en dos frentes: por el este, los portugueses y, desde el sur, las fuerzas porteñas. En 1820, el pacto federal se rompió cuando los caudillos de Entre Ríos y Santa Fe firmaron por su lado un pacto con Buenos Aires y se retiraron de la Liga. Pocos meses después, las tropas artiguistas eran definitivamente derrotadas y Artigas marchaba al Paraguay.