La decisión de los militares de no presentarse ante la justicia provocó una grave crisis institucional. Tanto colorados como blancos plantearon amnistías a los militares que fueron rechazadas en el Parlamento. Ante esta situación Wilson Ferreira Aldunate redactó un proyecto de ley de la caducidad de la pretensión punitiva del Estado. Esa ley establecería que el Estado renunciaba a castigar a los militares y policías que habían cometido delitos durante la dictadura. El proyecto fue aprobado en diciembre de 1986 y provocó el rechazo de la oposición y de una parte importante de la población. A partir de la aprobación de la ley se organizó una comisión contra la Ley de Caducidad para juntar firmas y derogarla mediante plebiscito.

El debate y la recolección de firmas se extendieron hasta el año 1988, cuando se consiguieron las firmas necesarias. Los que estaban de acuerdo con la Ley de Caducidad votaban con una papeleta amarilla y los que querían derogarla con una papeleta verde. En abril de 1989 se llevó a cabo la votación y triunfó la papeleta amarilla con un 57 % ratificando la ley.

Los defensores de la ley argumentaban la necesidad de fortalecer la democracia y trataban de no provocar a los militares, para evitar cualquier intento de golpe de Estado. Los defensores de la papeleta verde argumentaban que la Ley de Caducidad les daba impunidad a los militares e impedía la búsqueda de la verdad y la justicia.

La Ley de Caducidad permitió, durante largo tiempo, que la justicia no investigara la mayoría de los delitos cometidos durante la dictadura. Muchos años después, con la ley aún vigente, se encontraron elementos que permitieron llevar a los tribunales a algunos de los responsables de las violaciones a los derechos humanos y comenzar la búsqueda de los restos de desaparecidos.