De distintas maneras, doctores y caudillos buscaron asegurar la concordia entre los partidos. Pero algunos sectores no estaban de acuerdo con esa política. Surgieron algunos grupos de oposición a los distintos gobiernos de la fusión. Algunos afirmaban que en realidad los presidentes seguían perteneciendo a sus partidos de origen y veían a cada paso las pruebas de eso.

Desde 1853 el Partido Conservador llevó adelante varias acciones que pusieron en riesgo el orden y demostraron la debilidad del gobierno. Este partido estaba integrado por jóvenes colorados. Muchos de ellos eran militares destacados y civiles cultos. Querían conservar las tradiciones liberales del viejo núcleo de la Defensa. Rechazaban la fusión porque veían en ella la entrega del poder a los blancos.

La primera acción del Partido Conservador fue el 18 de julio de 1853 y hubo varios muertos. En 1855 volvieron a la carga. Hubo dos motines. El último fue rápidamente controlado por Manuel Oribe y Venancio Flores, que habían pactado mantener el orden. Los jóvenes del Partido Conservador fueron desterrados. Nuevamente, en 1858, se alzaron contra el presidente, pero no tuvieron éxito en el intento de tomar Montevideo y la revolución se desarrolló en el interior del territorio.

Los rebeldes fueron perseguidos por el interior del país, acorralados por el jefe del ejército del gobierno y derrotados en Paso de Quinteros (departamento de Durazno, sobre el río Negro). El general Anacleto Medina había prometido respetar las vidas de los rebeldes, pero recibió órdenes contrarias directas del presidente y fueron fusilados casi un centenar de rebeldes. Este episodio se conoce como hecatombe de Quinteros y se convirtió en un acontecimiento de gran importancia para los colorados.