El 1º de marzo de 1903 fue elegido José Batlle y Ordóñez como presidente del Uruguay. Su triunfo fue el resultado de arduas negociaciones para obtener los votos necesarios de los parlamentarios. De acuerdo con la Constitución de 1830, la elección del presidente se realizaba en la Asamblea General y se necesitaban 45 votos para ganarla. Para reunir los 55 votos que le dieron la presidencia, contó con el respaldo de una parte del Partido Nacional y del sector mayoritario del Partido Colorado. De ese modo, Batlle fue elegido por políticos profesionales y no por grupos de presión o algún sector social en particular.

Batlle representaba a los sectores renovadores del Partido Colorado, opuestos al colectivismo de Julio Herrera y Obes y partidarios de la apertura de la vida política a las clases populares y medias. Por otro lado, era un opositor al sistema de coparticipación instalado después de la guerra civil de 1897. No aceptaba el sistema bicéfalo que derivaba del Pacto de la Cruz.

Cuando asumió la presidencia, el Partido Nacional declaró que estaría atento a las acciones del gobierno, pues aceptaba la nueva situación tanto para acompañarlo como para combatirlo. Esta desconfianza de los blancos se confirmó cuando Batlle desconoció parte de lo acordado en 1897. El enfrentamiento con Aparicio Saravia ya estaba en la puerta.

En 1903 el caudillo blanco inició los preparativos de una revolución pero, antes de que hubiera enfrentamientos, se firmó un nuevo pacto en el paraje Nico Pérez (en el límite entre Florida y Lavalleja). Este pacto solo sirvió para postergar unos meses el inicio de la revolución que finalmente estalló en enero de 1904. Con la derrota de Saravia, Batlle y Ordóñez logró unificar el poder y aseguró las condiciones para la aplicación de su plan de reformas.