En 1807 la Corte portuguesa estaba instalada en Río de Janeiro, donde funcionaba la capital del Reino de Portugal, Brasil y Algarve. La Corte estuvo allí hasta 1822 cuando el hijo heredero del rey, Pedro, decidió separar a Brasil de Portugal y abdicar a la Corona portuguesa. Ese episodio se conoce como el Grito de Ipiranga y es la independencia de Brasil.

Los portugueses querían apropiarse de la Banda Oriental y desde 1817, y por tres años, las fuerzas artiguistas debieron luchar en dos frentes: contra los ejércitos porteño y portugués. En 1820 la lucha tocaba su fin con la derrota de Artigas en ambos frentes. Por un lado, los caudillos federales firmaron un tratado con Buenos Aires que disolvió de hecho a la Liga Federal. Por otro lado, Lecor logró imponer su autoridad sobre toda la Provincia Oriental derrotando a Rivera en la batalla de Tacuarembó e incorporándolo a sus fuerzas. Luego de esa derrota, Artigas abandonó la lucha y el territorio oriental.

En 1821 Juan VI de Portugal convocó a la Provincia Oriental a un congreso donde debía decidir entre tres opciones: integrarse a Portugal, integrarse a otras provincias o declarar la independencia y formar un país nuevo. Esa asamblea se conoce como Congreso Cisplatino y resolvió la incorporación del territorio oriental al Reino de Portugal como Provincia Cisplatina. Definió las condiciones y exigió un cierto grado de autonomía sobre todo en comercio e industria. Cuando se produjo la independencia de Brasil, la Provincia Cisplatina quedó incorporada a él hasta 1828.

Durante este período hubo algunos grupos que se enfrentaron al dominio tanto portugués como brasileño. Funcionaban clandestinamente y organizaron varios ataques. El más importante de esos ataques dio inicio a la segunda etapa de la independencia del territorio oriental con la Cruzada Libertadora en 1825.