En las elecciones de 1966 se votaron cuatro proyectos de reforma constitucional. La opción aprobada recibió el 47 % de los votos. En esta reforma se amplió el mandato del presidente y del Poder Legislativo a cinco años por cada elección. El Poder Legislativo y el Poder Judicial casi no sufrieron modificaciones en sus características. Los cambios más relevantes se dieron en el Poder Ejecutivo. El Consejo Nacional de Gobierno de nueve miembros dejó de funcionar; se pasó a un presidente elegido directamente por el pueblo actuando con un Consejo de Ministros y se le dio más poder de resolución: tenía la iniciativa exclusiva de crear empleos o nuevos gastos en el presupuesto, podía enviar al Poder Legislativo proyectos de urgente consideración y podía vetar o modificar cualquier proyecto de ley que ya hubiese sido aprobado en el Parlamento.

Además, se crearon oficinas técnicas en el plano económico. El objetivo era lograr una administración económica y financiera más rápida y eficiente. Con estos cambios, el Ejecutivo controlaría más la economía y las finanzas a través de la Oficina de Planeamiento y Presupuesto y del Banco Central, y tendría mayor poder de decisión en las empresas del Estado. A su vez, se crearon nuevos ministerios: Comunicación, Transporte y Turismo, y se reorganizaron otros como el de Industria y Comercio o Educación y Cultura. En los departamentos se volvió a instaurar la figura del intendente y la Junta Departamental con cinco años de mandato.

La Constitución le otorgaba al presidente y a sus ministros más poder, que también podía usarse con objetivos autoritarios para limitar los derechos individuales en función de la paz social y el bienestar del país. Los gobiernos colorados que fueron elegidos bajo esta nueva Constitución así lo hicieron.