El gobierno argentino estaba interesado en los territorios de la Pampa y la Patagonia y los reclamaba como herencia colonial pese a que aún vivían allí los pueblos originarios. Los mapuches y los tehuelches eran considerados improductivos, poco útiles para el desarrollo económico del país, además de ser vistos como símbolo de una barbarie impropia para un Estado que aspiraba al modelo cultural europeo.

Estos motivos llevaron a que el ministro de Guerra argentino, el general Roca, emprendiese una campaña contra los mapuches y tehuelches, para expulsarlos y hacerse con el dominio de sus extensos territorios. Con este fin, varias divisiones del ejército llevaron a cabo una serie de acciones militares sobre los indígenas. Se estima que cerca de 14.000 indígenas murieron, aunque actualmente varias organizaciones de reivindicación de los pueblos originarios afirman que fueron muchos más. Los grupos que sobrevivieron fueron desplazados a zonas estériles de la Patagonia, donde la tierra no producía casi ningún cultivo. Cerca de 10.000 indígenas fueron tomados como prisioneros y otros 3.000 fueron enviados a Buenos Aires.

En la actualidad se han hecho muchas denuncias sobre estas matanzas y se las declara una campaña de exterminio, al punto de llegar a usar el término genocidio para referirse a ella. Entre los daños causados a estos pueblos, además de la expulsión de sus tierras, estaba el traslado y la separación de las familias por sexo, para que no tuvieran hijos. Las mujeres eran destinadas a trabajar como sirvientas y los hombres fueron recluidos en la isla Martín García.

El gobierno argentino justificó sus acciones militares contra los indígenas argumentando que eran necesarias para el progreso del país, pues el camino de la solución pacífica había fracasado.