En febrero de 1820 las fuerzas de Francisco Ramírez, gobernador de Entre Ríos, y Estanislao López, gobernador de Santa Fe, derrotaron a las fuerzas porteñas en la batalla de Cepeda. En Buenos Aires estalló el desorden y el temor a la invasión de los federales. Se instaló un gobierno provisorio que se vio forzado a firmar un tratado con los caudillos.

Ese tratado no fue un acuerdo entre el gobierno de Buenos Aires y la Liga de los Pueblos Libres o Federal, de la que las provincias formaban parte, representada por los gobernadores de Santa Fe y Entre Ríos, sino que fue un acuerdo tripartito, entre esas dos provincias y el gobierno provisorio de Buenos Aires. El Tratado del Pilar desconoció a la Liga Federal como unidad mayor y a la autoridad superior de Artigas como Protector de los Pueblos Libres.

El texto del tratado reconocía el federalismo como sistema para la organización de las Provincias Unidas pero, como no mencionaba a la Liga Federal, dejaba disuelta automáticamente la alianza que habían formado las provincias que la integraban.

Artigas, a quien el tratado solo reconocía como comandante de la Provincia Oriental, rechazó el acuerdo. De esa manera, sus antiguos aliados abandonaron la lucha contra Portugal, que controlaba toda la Provincia Oriental y gran parte de Misiones y Corrientes. Para evitar la invasión portuguesa a sus provincias, Ramírez y López aceptaron aliarse con los unitarios de Buenos Aires. De esa manera, las fuerzas artiguistas quedaron solas en la lucha y fueron rápidamente derrotadas.

Tras la derrota, las fuerzas artiguistas se disolvieron y unos pocos acompañaron a Artigas al Paraguay. Se inició así la dominación portuguesa de la Provincia Oriental, que se extendió hasta 1822, cuando Brasil se independizó y sustituyó a Portugal hasta 1828.