El Plan Cóndor comenzó a operar en toda su magnitud a partir de 1976. Supuso el asesinato de 50.000 personas y la desaparición de otras 30.000, consideradas enemigos de los regímenes dictatoriales. El operativo consistió en la acción coordinada de comandos militares de diferentes países de la región. Las operaciones del Plan Cóndor implicaron el secuestro de personas en un país, su traslado a otro para la detención clandestina, tortura y, eventualmente, su ejecución. Para la eliminación de los cuerpos se utilizaban los llamados vuelos de la muerte. En muchos casos, los cuerpos no fueron hallados, por lo que se los considera desaparecidos. En ocasiones, los operativos también significaron el secuestro de niños, muchos de los cuales permanecen desaparecidos.

El Plan Cóndor contó con la colaboración de agentes de la CIA que entrenaron a varios de los responsables de los secuestros, torturas y ejecuciones. En la actualidad se conocen varios documentos desclasificados por la agencia de inteligencia estadounidense que dan cuenta de las operaciones. Por otro lado, gran parte de la documentación que ha permitido conocer los alcances de esta operación internacional fueron encontrados por casualidad por un juez paraguayo en 1992. Estos archivos, conocidos como archivos del terror, registran los detalles del destino de miles de latinoamericanos secuestrados, torturados y asesinados por los servicios de seguridad de Argentina, Brasil, Bolivia, Chile, Paraguay, Uruguay y otros en menor medida. Además de las decenas de miles de desaparecidos y asesinados en el marco del plan, estas acciones conjuntas significaron 400.000 personas encarceladas.

Todos estos crímenes son contra la humanidad o de lesa humanidad, por lo que no prescriben; es decir, no dejan de tener vigencia nunca.