El colectivismo colorado y la afirmación del poder presidencial caracterizaron a este período en materia política. En lo económico, se afirmó el modelo agroexportador que el país había adquirido con las transformaciones durante el período militarista.

El colectivismo fue la tendencia liderada por Julio Herrera y Obes, que solo admitía a sus seguidores en el gobierno. Eso generó el descontento del Partido Nacional. La oposición estalló en 1897 cuando Aparicio Saravia inició un levantamiento, que se concretó en una grave guerra civil que se prolongó por varios meses. También dentro del propio Partido Colorado hubo grupos que se opusieron al colectivismo de Julio Herrera y Obes. El sector colorado opositor más importante fue liderado por José Batlle y Ordóñez quien, desde el diario El Día, que él mismo fundó en 1886, se dedicó a criticar esa tendencia.

El civilismo estuvo caracterizado por la afirmación del poder presidencial, gracias al final del caudillismo. La figura del presidente cobró un poder indiscutible. El debilitamiento del ejército luego de la renuncia de Máximo Santos y el destierro de Lorenzo Latorre pudo asegurar el triunfo de los políticos profesionales.

Durante este período hubo tres presidencias fundamentales. La de Máximo Tajes, que generó la transición hacia el civilismo. La de Julio Herrera y Obes, que desarrolló una influencia fuerte del Poder Ejecutivo en la designación de los candidatos sucesores: el colectivismo y el exclusivismo colorado. Y la de Juan Idiarte Borda, que continuó con esa política, lo que provocó el alzamiento de Aparicio Saravia. El levantamiento de Saravia inició una guerra civil que concluyó con un acuerdo de paz que garantizaba la coparticipación de los blancos en el gobierno.