La presidencia de Idiarte Borda había sido muy discutida desde el principio. Era un presidente colorado que representaba los intereses de los grupos sociales más ricos y conservadores y despreciaba a las clases populares, a las que creía que no había que darles participación en la vida política del país. Estas ideas eran discutidas por integrantes del Partido Nacional y por muchos de sus correligionarios del Partido Colorado.

Durante su gobierno estalló la guerra civil de 1897. Aparicio Saravia, al frente de un ejército rebelde, enfrentó al gobierno colorado denunciándolo como corrupto y fraudulento y exigiendo la participación del Partido Nacional en el poder político. Muchos exigían al presidente Idiarte Borda que negociara una salida pacífica con Aparicio, pero el presidente se negaba. Creía que la superioridad del ejército gubernamental, que tenía más soldados y mejores armas, iba a decidir la guerra a su favor.

La guerra se alargó dejando muchos muertos y heridos, además de graves perjuicios económicos. La mayoría de los políticos de ambos partidos estaban en contra de la postura de Idiarte Borda. Muchos pedían que renunciara a la presidencia porque consideraban que Uruguay seguía en guerra por culpa de su intransigencia. Cada vez ganaba más enemigos.

En abril de 1897 Idiarte Borda sufrió el primer atentado cuando, frente a la puerta de su casa, un joven le apuntó con un revólver en el cuello, sin disparar. Era una primera advertencia. El 25 de agosto de ese año se festejaba el día de la Independencia y el presidente asistió a las celebraciones. Cuando iba al frente de la comitiva, un joven llamado Avelino Arredondo le disparó directo al corazón y el presidente murió instantáneamente. Fue el único asesinato de un presidente en toda la historia del Uruguay.