En 1816 encabezó la invasión a la Provincia Oriental, con el objetivo de incorporar a las posesiones portuguesas algunas de las provincias del antiguo virreinato del Río de la Plata. Para lograrlo debía destruir a las fuerzas de Artigas, eliminar a sus corsarios y debilitar las fuerzas revolucionarias de las otras provincias del antiguo virreinato. Entonces aprovechó la división interna de los revolucionarios entre unitarios y federales.

El 20 de enero de 1817, Lecor era recibido por los miembros del Cabildo y se le entregaban las llaves de la ciudad. El ingreso de las tropas portuguesas fue saludado por una serie de demostraciones de reconocimiento. Lecor fue acompañado por las autoridades civiles y de la Iglesia, entró a la ciudad con honores y la bandera de Portugal fue izada en todos los edificios públicos de la ciudad, en medio del repique de las campanas.

En 1820, el ejército portugués derrotó a las fuerzas artiguistas en la batalla de Tacuarembó y Artigas abandonó el territorio oriental marchando hacia Paraguay.

Lecor demostró ser muy hábil en la política. Para asegurarse el control de Montevideo necesitaba el apoyo de gran parte del patriciado oriental. Logró convencerlos prometiendo que aseguraría el orden en el territorio y devolvería las tierras confiscadas por el artiguismo. Finalmente los orientales, en 1821, a cambio de esa promesa, aceptaron incorporarse al Imperio portugués y transformarse en Provincia Cisplatina.

Luego de la independencia de Brasil, en setiembre de 1822, la guarnición de Montevideo se declaró fiel al rey de Portugal. Pero Lecor decidió declararse súbdito de Pedro I, emperador de Brasil. La Provincia Cisplatina pasó a ser parte del Imperio brasileño hasta la firma de la Convención Preliminar de Paz, en 1828, que puso fin a la dominación lusobrasileña.