Bartolomé Mitre regresó a su país cuando Juan Manuel de Rosas fue derrotado y lideró la lucha a favor de Buenos Aires en contra de la organización federal en Argentina. Se opuso a la Constitución federal de 1853. En Buenos Aires ocupó cargos en la legislatura de la provincia, fue ministro de Guerra, de Gobierno y de Relaciones Exteriores. Fue electo gobernador de Buenos Aires en 1860. Se enfrentó a Urquiza y lo derrotó en la batalla de Pavón en 1861. A partir de este triunfo logró que Buenos Aires y la Confederación Argentina se unieran, promoviendo la unificación territorial del país y centralizando el poder político y económico en la ciudad de Buenos Aires. Para afirmar lo que había defendido siempre, promovió una Constitución que respaldaba y aseguraba la unidad.

Fue electo presidente de la República Argentina en 1862, cuando la nación estaba unificada. Durante su mandato organizó el nuevo gobierno nacional. Promovió la construcción de ferrocarriles asociados a capitales ingleses. Impulsó la guerra contra Paraguay, aliándose con Brasil y Uruguay en lo que se llamó la Triple Alianza. Mitre abandonó su cargo como presidente y se puso al mando del ejército que luchó contra Paraguay.

Compartía con Faustino Sarmiento el desprecio hacia lo que se denominaba en aquella época cultura bárbara, que representaba al medio rural, al gauchaje, los caudillos rurales, los pueblos y la cultura indígena, en oposición a lo que realmente amaba y admiraba: la ciudad, las costumbres urbanas y los modelos europeos.

Mitre ha sido duramente criticado por liderar la guerra contra Paraguay y por las campañas de exterminio y matanzas de pueblos del interior del país por no pertenecer a la cultura llamada civilizada, que él quería imponer en la Argentina.